La fondazione è del 2003 e fin da subito ha suscitato polemiche perché solitamente i centri di ricerca pubblici nascono all’interno delle università mentre l’IIT ha una sua indipendenza anche se collabora con le università.
È nato con lo scopo di diventare un centro di riferimento per la ricerca scientifica ad alto contenuto tecnologico, oltre che una base per il ritorno dei cosiddetti "cervelli in fuga", ossia ricercatori che sono andati a lavorare all’estero.
Le città candidate a ospitare l'istituto erano Genova e Pisa. La scelta cadde sul capoluogo ligure in quanto sede industriale d'importanti aziende quali, tra le altre, Ansaldo, Siemens e Ericsson.
Nel laboratori di Genova si studia la robotica, la scoperta e sviluppo di farmaci, neuroscienze e tecnologie del cervello, nanochimica, nanostrutture, nanofisica, visione automatica, microscopia ottica.
L'istituto impiega oltre 200 scienziati e ricercatori a tempo pieno, quasi 1000 a temporanei, collabora con 18 centri ha al suo attivo quasi 20 mila pubblicazioni scientifiche, oltre 1000 brevetti, fondato 33 startup.
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